Die Schulaufsichtsbehörden sind gemäß Art. 114 BayEUG:
- für Grund- und Mittelschulen die Schulämter
- für Gymnasien, Fachoberschulen, Berufsoberschulen, Realschulen das Kultusministerium
- für Berufsschulen, Berufsfachschulen, Wirtschaftsschulen, Fachschulen und Fachakademien die Bezirksregierung
Förderschulen, die von ihrer Konzeption her einer anderen Schulart gleichkommen, unterliegen der Schulaufsichtsbehörde dieser Schulart. Ansonsten sind die Bezirksregierungen zuständig.